Du kan inte välja fler än 25 ämnen
Ämnen måste starta med en bokstav eller siffra, kan innehålla bindestreck ('-') och vara max 35 tecken långa.
YaqingLiu
a8bce51877
docs: README.md
|
2 år sedan | |
|---|---|---|
| tasks | 2 år sedan | |
| .gitignore | 2 år sedan | |
| LICENSE | 2 år sedan | |
| README.md | 2 år sedan | |
| defaults | 2 år sedan | |
| inputs | 2 år sedan | |
| workflow.wdl | 2 år sedan | |
README.md
WES analysis
Automated integrated analysis software for genomics data of the cancer patients.
Quality control
FastQC, FastQ Screen, Qualimap
Variant calling
- SNV/Indel: TNseq (somatic), Haplotyper (germline)
- CNV: CNVkit
- SV: Manta
- TMB: in-house code
- HRD: sequenza
- MSI: MSIsensor