YaqingLiu
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WesPipe
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Automated integrated analysis software for genomics data of the cancer patients.
No puede seleccionar más de 25 temas Los temas deben comenzar con una letra o número, pueden incluir guiones ('-') y pueden tener hasta 35 caracteres de largo.
41 Commits
1 Rama
Rama: master
Ramas Etiquetas
${ item.name }
Crear rama ${ searchTerm }
desde 'master'
${ noResults }
YaqingLiu a8bce51877 docs: README.md hace 2 años
tasks feat: tnscope min_base_qual hace 2 años
.gitignore Initial commit hace 2 años
LICENSE Initial commit hace 2 años
README.md docs: README.md hace 2 años
defaults fix: interval_padding hace 2 años
inputs feat: qc and multi callers hace 2 años
workflow.wdl refactor: varscan hace 2 años

README.md

WES analysis

Automated integrated analysis software for genomics data of the cancer patients.

Quality control

FastQC, FastQ Screen, Qualimap

Variant calling

  • SNV/Indel: TNseq (somatic), Haplotyper (germline)
  • CNV: CNVkit
  • SV: Manta
  • TMB: in-house code
  • HRD: sequenza
  • MSI: MSIsensor