YaqingLiu
/
WesPipe
Слідкувати 1
В обрані 0
Форк 0
Код Проблеми 0 Запити на злиття 0 Релізи 0 Вікі Активність
Automated integrated analysis software for genomics data of the cancer patients.
Ви не можете вибрати більше 25 тем Теми мають розпочинатися з літери або цифри, можуть містити дефіси (-) і не повинні перевищувати 35 символів.
41 Коміти
1 Гілка
Гілка: master
Гілки Теги
${ item.name }
Створити гілку ${ searchTerm }
з 'master'
${ noResults }
YaqingLiu a8bce51877 docs: README.md 2 роки тому
tasks feat: tnscope min_base_qual 2 роки тому
.gitignore Initial commit 2 роки тому
LICENSE Initial commit 2 роки тому
README.md docs: README.md 2 роки тому
defaults fix: interval_padding 2 роки тому
inputs feat: qc and multi callers 2 роки тому
workflow.wdl refactor: varscan 2 роки тому

README.md

WES analysis

Automated integrated analysis software for genomics data of the cancer patients.

Quality control

FastQC, FastQ Screen, Qualimap

Variant calling

  • SNV/Indel: TNseq (somatic), Haplotyper (germline)
  • CNV: CNVkit
  • SV: Manta
  • TMB: in-house code
  • HRD: sequenza
  • MSI: MSIsensor