YaqingLiu
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WesPipe
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Automated integrated analysis software for genomics data of the cancer patients.
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1 Branch
Branch: master
Branches Tags
${ item.name }
Erstelle Branch ${ searchTerm }
von „master“
${ noResults }
YaqingLiu a8bce51877 docs: README.md vor 2 Jahren
tasks feat: tnscope min_base_qual vor 2 Jahren
.gitignore Initial commit vor 2 Jahren
LICENSE Initial commit vor 2 Jahren
README.md docs: README.md vor 2 Jahren
defaults fix: interval_padding vor 2 Jahren
inputs feat: qc and multi callers vor 2 Jahren
workflow.wdl refactor: varscan vor 2 Jahren

README.md

WES analysis

Automated integrated analysis software for genomics data of the cancer patients.

Quality control

FastQC, FastQ Screen, Qualimap

Variant calling

  • SNV/Indel: TNseq (somatic), Haplotyper (germline)
  • CNV: CNVkit
  • SV: Manta
  • TMB: in-house code
  • HRD: sequenza
  • MSI: MSIsensor