YaqingLiu
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Automated integrated analysis software for genomics data of the cancer patients.
選択できるのは25トピックまでです。 トピックは、先頭が英数字で、英数字とダッシュ('-')を使用した35文字以内のものにしてください。
41 コミット
1 ブランチ
ブランチ: master
ブランチ タグ
${ item.name }
ブランチ ${ searchTerm } を作成
'master' から
${ noResults }
YaqingLiu a8bce51877 docs: README.md 2年前
tasks feat: tnscope min_base_qual 2年前
.gitignore Initial commit 2年前
LICENSE Initial commit 2年前
README.md docs: README.md 2年前
defaults fix: interval_padding 2年前
inputs feat: qc and multi callers 2年前
workflow.wdl refactor: varscan 2年前

README.md

WES analysis

Automated integrated analysis software for genomics data of the cancer patients.

Quality control

FastQC, FastQ Screen, Qualimap

Variant calling

  • SNV/Indel: TNseq (somatic), Haplotyper (germline)
  • CNV: CNVkit
  • SV: Manta
  • TMB: in-house code
  • HRD: sequenza
  • MSI: MSIsensor