Nevar pievienot vairāk kā 25 tēmas
Tēmai ir jāsākas ar burtu vai ciparu, tā var saturēt domu zīmes ('-') un var būt līdz 35 simboliem gara.
YaqingLiu
a8bce51877
docs: README.md
|
pirms 2 gadiem | |
|---|---|---|
| tasks | pirms 2 gadiem | |
| .gitignore | pirms 2 gadiem | |
| LICENSE | pirms 2 gadiem | |
| README.md | pirms 2 gadiem | |
| defaults | pirms 2 gadiem | |
| inputs | pirms 2 gadiem | |
| workflow.wdl | pirms 2 gadiem | |
README.md
WES analysis
Automated integrated analysis software for genomics data of the cancer patients.
Quality control
FastQC, FastQ Screen, Qualimap
Variant calling
- SNV/Indel: TNseq (somatic), Haplotyper (germline)
- CNV: CNVkit
- SV: Manta
- TMB: in-house code
- HRD: sequenza
- MSI: MSIsensor