YaqingLiu
/
WesPipe
Наблюдаван 1
Харесван 0
Разклонения 0
Код Задачи 0 Заявки за сливане 0 Версии 0 Уики Activity
Automated integrated analysis software for genomics data of the cancer patients.
You can not select more than 25 topics Topics must start with a letter or number, can include dashes ('-') and can be up to 35 characters long.
41 Ревизии
1 Клон
Клон: master
Клонове Маркери
${ item.name }
Create branch ${ searchTerm }
от 'master'
${ noResults }
YaqingLiu a8bce51877 docs: README.md преди 2 години
tasks feat: tnscope min_base_qual преди 2 години
.gitignore Initial commit преди 2 години
LICENSE Initial commit преди 2 години
README.md docs: README.md преди 2 години
defaults fix: interval_padding преди 2 години
inputs feat: qc and multi callers преди 2 години
workflow.wdl refactor: varscan преди 2 години

README.md

WES analysis

Automated integrated analysis software for genomics data of the cancer patients.

Quality control

FastQC, FastQ Screen, Qualimap

Variant calling

  • SNV/Indel: TNseq (somatic), Haplotyper (germline)
  • CNV: CNVkit
  • SV: Manta
  • TMB: in-house code
  • HRD: sequenza
  • MSI: MSIsensor