YaqingLiu
/
WesPipe
Sledovat 1
Oblíbit 0
Rozštěpit 0
Zdrojový kód Úkoly 0 Požadavky na natažení 0 Vydání 0 Wiki Aktivita
Automated integrated analysis software for genomics data of the cancer patients.
Nelze vybrat více než 25 témat Téma musí začínat písmenem nebo číslem, může obsahovat pomlčky („-“) a může být dlouhé až 35 znaků.
41 Revize
1 Větev
Větev: master
Větve Značky
${ item.name }
Vytvořit větev ${ searchTerm }
z „master“
${ noResults }
YaqingLiu a8bce51877 docs: README.md před 2 roky
tasks feat: tnscope min_base_qual před 2 roky
.gitignore Initial commit před 2 roky
LICENSE Initial commit před 2 roky
README.md docs: README.md před 2 roky
defaults fix: interval_padding před 2 roky
inputs feat: qc and multi callers před 2 roky
workflow.wdl refactor: varscan před 2 roky

README.md

WES analysis

Automated integrated analysis software for genomics data of the cancer patients.

Quality control

FastQC, FastQ Screen, Qualimap

Variant calling

  • SNV/Indel: TNseq (somatic), Haplotyper (germline)
  • CNV: CNVkit
  • SV: Manta
  • TMB: in-house code
  • HRD: sequenza
  • MSI: MSIsensor