Ver código fonte

fix: bcftools norm

master
YaqingLiu 2 anos atrás
pai
commit
f592faa5a9
1 arquivos alterados com 3 adições e 1 exclusões
  1. +3
    -1
      tasks/bcftools.wdl

+ 3
- 1
tasks/bcftools.wdl Ver arquivo

@@ -13,7 +13,9 @@ task bcftools {
set -e
nt=$(nproc)
bcftools norm -m -both ${vcf} | bcftools norm -f ${ref_dir}/${fasta} -Ov -o ${basename}.norm.vcf
# bcftools norm -m -both ${vcf} | bcftools norm -f ${ref_dir}/${fasta} -Ov -o ${basename}.norm.vcf
# Split multiallelic sites
bcftools norm -m -both ${vcf} -o ${basename}.norm.vcf
>>>
runtime {

Carregando…
Cancelar
Salvar