Pārlūkot izejas kodu

fix: bcftools norm

master
YaqingLiu pirms 2 gadiem
vecāks
revīzija
f592faa5a9
1 mainītis faili ar 3 papildinājumiem un 1 dzēšanām
  1. +3
    -1
      tasks/bcftools.wdl

+ 3
- 1
tasks/bcftools.wdl Parādīt failu

@@ -13,7 +13,9 @@ task bcftools {
set -e
nt=$(nproc)
bcftools norm -m -both ${vcf} | bcftools norm -f ${ref_dir}/${fasta} -Ov -o ${basename}.norm.vcf
# bcftools norm -m -both ${vcf} | bcftools norm -f ${ref_dir}/${fasta} -Ov -o ${basename}.norm.vcf
# Split multiallelic sites
bcftools norm -m -both ${vcf} -o ${basename}.norm.vcf
>>>
runtime {

Notiek ielāde…
Atcelt
Saglabāt