 YaqingLiu
|
a36b68f093
|
Fixbug: $ in pindel
|
3 vuotta sitten |
|
YaqingLiu
|
d2988bab5d
|
Fixbug: cluster: cluster_config
|
3 vuotta sitten |
|
YaqingLiu
|
29053d0d19
|
Alter: replaceRG output
|
3 vuotta sitten |
|
YaqingLiu
|
7e4d99c1a7
|
Add: replaceRG
|
3 vuotta sitten |
|
YaqingLiu
|
fe311d4483
|
Fixbug: remove
|
3 vuotta sitten |
|
YaqingLiu
|
6899365543
|
Fixbug: defaults
|
3 vuotta sitten |
|
YaqingLiu
|
212b5c40df
|
Fixbug: TNseq output
|
3 vuotta sitten |
|
YaqingLiu
|
fe6512cce0
|
Fixbug: TNseq output
|
3 vuotta sitten |
|
YaqingLiu
|
71cb524380
|
Fixbug: TNseq output
|
3 vuotta sitten |
|
YaqingLiu
|
b124b6d8d0
|
Fixbug: TNseq
|
3 vuotta sitten |
|
YaqingLiu
|
dbce0e5ce4
|
Alter: tumor-only
|
3 vuotta sitten |
|
YaqingLiu
|
55e4232daa
|
Fixbug: input_fastq and input_bam
|
3 vuotta sitten |
|
YaqingLiu
|
831fa1b007
|
Alter: varscan_vep input name
|
3 vuotta sitten |
|
YaqingLiu
|
9a3ce1ee23
|
Alter: VEP task name
|
3 vuotta sitten |
|
YaqingLiu
|
9e1ac3e469
|
Alter: BQSR
|
3 vuotta sitten |
|
YaqingLiu
|
7868563c2a
|
Fixbug: ANNOVAR
|
3 vuotta sitten |
|
YaqingLiu
|
33b1c80f3e
|
test bam input
|
3 vuotta sitten |
|
YaqingLiu
|
cb2cc7173e
|
test add bam
|
3 vuotta sitten |
|
YaqingLiu
|
fa7bbf3d1d
|
Update: README
|
4 vuotta sitten |
|
YaqingLiu
|
470d220762
|
Update: README
|
4 vuotta sitten |
|
YaqingLiu
|
270b9d1ac0
|
Update: README
|
4 vuotta sitten |
|
YaqingLiu
|
3960b57b2b
|
Update: README
|
4 vuotta sitten |
|
YaqingLiu
|
01d17edd41
|
Update: README
|
4 vuotta sitten |
|
YaqingLiu
|
607454ab2f
|
Update: add VEP
|
4 vuotta sitten |
|
YaqingLiu
|
dbd1da94c2
|
Update: add PASS filter option
|
4 vuotta sitten |
|
YaqingLiu
|
3a2e5030af
|
Update ANNOVAR.wdl filename
|
4 vuotta sitten |
|
YaqingLiu
|
d925a41571
|
Update: ANNOVAR
|
4 vuotta sitten |
|
YaqingLiu
|
fef526105b
|
Add TNseq output
|
4 vuotta sitten |
|
YaqingLiu
|
440fc0d224
|
Add annovar parameter
|
4 vuotta sitten |
|
YaqingLiu
|
ef82cc2a54
|
Fixbug: output of annovar
|
4 vuotta sitten |
|
YaqingLiu
|
a2064698dc
|
Fixbug: output of annovar
|
4 vuotta sitten |
|
YaqingLiu
|
f3928d598e
|
Update: default interval_padding is 0
|
4 vuotta sitten |
|
YaqingLiu
|
6d4d6abe80
|
Update: simplify BQSR
|
4 vuotta sitten |
|
YaqingLiu
|
eab87988a1
|
Alter: Varscan2 input is deduped BAM
|
4 vuotta sitten |
|
YaqingLiu
|
e8f07a8c53
|
Alter: TNseq input is deduped BAM
|
4 vuotta sitten |
|
YaqingLiu
|
d1faa18e02
|
Alter: TNseq Input
|
4 vuotta sitten |
|
YaqingLiu
|
03fb6ee728
|
Update: defaults
|
4 vuotta sitten |
|
YaqingLiu
|
568b2547c3
|
Update: defaults
|
4 vuotta sitten |
|
YaqingLiu
|
7e612b6ddd
|
Fix bug: merge Varscan's results
|
4 vuotta sitten |
|
YaqingLiu
|
cb6332a576
|
Update: varscan somatic annovar
|
4 vuotta sitten |
|
YaqingLiu
|
a06abfc5cf
|
Update: varscan
|
4 vuotta sitten |
|
YaqingLiu
|
96a3c5dc5d
|
Update: annovar.wdl, remove ensGene and knownGene
|
4 vuotta sitten |
|
YaqingLiu
|
09955be90c
|
Update: default sentieon version
|
4 vuotta sitten |
|
YaqingLiu
|
61c1a9944f
|
Update: README.md
|
4 vuotta sitten |
|
YaqingLiu
|
4c099f39b6
|
Update: README.md
|
4 vuotta sitten |
|
YaqingLiu
|
d132679ec2
|
update default
|
4 vuotta sitten |
|
YaqingLiu
|
4ce53ad6c6
|
Fix bug: TNscope.wdl
|
4 vuotta sitten |
|
YaqingLiu
|
af9561b1e0
|
Fix bug: BQSR.wdl
|
4 vuotta sitten |
|
YaqingLiu
|
59b2e9cb84
|
Fix bug: Realigner's inputs
|
4 vuotta sitten |
|
YaqingLiu
|
ed468bfd8e
|
Fix bug: TNseq.wdl
|
4 vuotta sitten |
