@@ -1,6 +1,5 @@ | |||
task annovar { | |||
String sample | |||
File vcf | |||
String annotated_vcf = basename(vcf,".vcf") | |||
String hg | |||
@@ -26,7 +25,7 @@ task annovar { | |||
output { | |||
File avinput = "${annotated_vcf}.avinput" | |||
File multianno_txt = "${annotated_vcf}.multianno.txt" | |||
File multianno = "${annotated_vcf}.multianno.vcf" | |||
File multianno_txt = "${annotated_vcf}.${hg}_multianno.txt" | |||
File multianno = "${annotated_vcf}.${hg}_multianno.vcf" | |||
} | |||
} |