1 fichiers modifiés avec 2 ajouts et 2 suppressions
+ 2
- 2
tasks/qualimapBAMqc.wdl
Voir le fichier
| @@ -10,7 +10,7 @@ task qualimapBAMqc { | |||
| set -e | |||
| nt=$(nproc) | |||
| /opt/qualimap/qualimap bamqc -bam ${bam} -outformat PDF:HTML -nt $nt -outdir ${bamname}_bamqc --java-mem-size=32G | |||
| tar -zcvf ${bamname}_bamqc_qualimap.zip ${bamname}_bamqc | |||
| tar -zcvf ${bamname}_bamqc_qualimap.tar.gz ${bamname}_bamqc | |||
| >>> | |||
| @@ -22,7 +22,7 @@ task qualimapBAMqc { | |||
| } | |||
| output { | |||
| File bamqc_zip = "${bamname}_bamqc_qualimap.zip" | |||
| File bamqc_zip = "${bamname}_bamqc_qualimap.tar.gz" | |||
| } | |||
| } | |||
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