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samtools task remove thread

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junshang il y a 4 ans
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révision
44dd969877
1 fichiers modifiés avec 2 ajouts et 2 suppressions
  1. +2
    -2
      tasks/samtools.wdl

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tasks/samtools.wdl Voir le fichier

@@ -11,8 +11,8 @@ task samtools {
nt=$(nproc)
mkdir -p /cromwell_root/tmp/samtools
cd /cromwell_root/tmp/samtools
/opt/conda/bin/samtools -@ $nt index ${sep=' ' tumor_bam}
/opt/conda/bin/samtools -@ $nt index ${sep=' ' normal_bam}
/opt/conda/bin/samtools index ${sep=' ' tumor_bam}
/opt/conda/bin/samtools index ${sep=' ' normal_bam}
>>>

runtime {

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