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variant-calling
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54 Commits (master)

Autor SHA1 Nachricht Datum
  renluyao 4ddc424595 Update 'workflow.wdl' vor 3 Jahren
  renluyao 8f6edd7278 Update 'workflow.wdl' vor 3 Jahren
  renluyao 99f70b99c0 Update 'workflow.wdl' vor 3 Jahren
  renluyao 403df4530c Update 'workflow.wdl' vor 3 Jahren
  renluyao ad55a9a349 Update 'workflow.wdl' vor 3 Jahren
  YaqingLiu f4c1c1aba5 Update: sample_id in Haplotyper and Pindel vor 3 Jahren
  YaqingLiu df1c66f195 Update: remove only_pass vor 3 Jahren
  YaqingLiu 3accc366b6 update workflow vor 3 Jahren
  YaqingLiu f4279ccb13 Update: workflow operator vor 3 Jahren
  YaqingLiu d064f8f055 Update: workflow vor 3 Jahren
  YaqingLiu c72f3aae8c Fixbug: replaceRG input vor 3 Jahren
  YaqingLiu cd5f5ba56b Fixbug: pindel task name vor 3 Jahren
  YaqingLiu 19a6548af2 Fixbug: add pindel Boolean vor 3 Jahren
  YaqingLiu 29053d0d19 Alter: replaceRG output vor 3 Jahren
  YaqingLiu 7e4d99c1a7 Add: replaceRG vor 3 Jahren
  YaqingLiu 6899365543 Fixbug: defaults vor 3 Jahren
  YaqingLiu dbce0e5ce4 Alter: tumor-only vor 3 Jahren
  YaqingLiu 831fa1b007 Alter: varscan_vep input name vor 3 Jahren
  YaqingLiu 9e1ac3e469 Alter: BQSR vor 3 Jahren
  YaqingLiu 33b1c80f3e test bam input vor 3 Jahren
  YaqingLiu cb2cc7173e test add bam vor 3 Jahren
  YaqingLiu 607454ab2f Update: add VEP vor 4 Jahren
  YaqingLiu dbd1da94c2 Update: add PASS filter option vor 4 Jahren
  YaqingLiu d925a41571 Update: ANNOVAR vor 4 Jahren
  YaqingLiu 440fc0d224 Add annovar parameter vor 4 Jahren
  YaqingLiu ef82cc2a54 Fixbug: output of annovar vor 4 Jahren
  YaqingLiu eab87988a1 Alter: Varscan2 input is deduped BAM vor 4 Jahren
  YaqingLiu e8f07a8c53 Alter: TNseq input is deduped BAM vor 4 Jahren
  YaqingLiu d1faa18e02 Alter: TNseq Input vor 4 Jahren
  YaqingLiu cb6332a576 Update: varscan somatic annovar vor 4 Jahren
  YaqingLiu a06abfc5cf Update: varscan vor 4 Jahren
  YaqingLiu 4ce53ad6c6 Fix bug: TNscope.wdl vor 4 Jahren
  YaqingLiu 59b2e9cb84 Fix bug: Realigner's inputs vor 4 Jahren
  YaqingLiu ed468bfd8e Fix bug: TNseq.wdl vor 4 Jahren
  YaqingLiu a6057601d2 Fix bug: BQSR.wdl vor 4 Jahren
  YaqingLiu ab4b741af9 Fix bug: germline vor 4 Jahren
  YaqingLiu 784f19e2c9 Fix bug: remove vcf2maf vor 4 Jahren
  YaqingLiu 02f79915c3 Fix bug: remove vcf2maf vor 4 Jahren
  YaqingLiu 193d7a3bf4 Update: inputs vor 4 Jahren
  YaqingLiu 979513f14c Update: inputs vor 4 Jahren
  YaqingLiu 1dd6c6016d Update: inputs vor 4 Jahren
  YaqingLiu 340692e44a Update: inputs vor 4 Jahren
  YaqingLiu eb14b9b267 Update: inputs vor 4 Jahren
  YaqingLiu d73e139d63 Update: inputs vor 4 Jahren
  YaqingLiu 51f177520c Update: README.md vor 4 Jahren
  YaqingLiu 24df48e237 Update: TNseq.wdl vor 4 Jahren
  YaqingLiu 0c11f3af3f Update: TNscope.wdl vor 4 Jahren
  YaqingLiu 91f18eb183 Remove corealigner and vcf2maf vor 4 Jahren
  YaqingLiu 5189a041e6 Update: README.md vor 4 Jahren
  YaqingLiu bc00d0efe5 Update: README.md vor 4 Jahren