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tasks/TNscope.wdl
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| --algo TNscope \ | --algo TNscope \ | ||||
| $SAMPLE \ | $SAMPLE \ | ||||
| --dbsnp ${dbsnp_dir}/${dbsnp} \ | --dbsnp ${dbsnp_dir}/${dbsnp} \ | ||||
| --min_base_qual 20 \ | |||||
| ${sample}.TNscope.vcf | ${sample}.TNscope.vcf | ||||
| # awk -F'\t' '{if(($1~"^#")||($1!~"^#" && $7=="PASS")){print $0}}' ${sample}.TNscope.vcf > ${sample}.TNscope.PASS.vcf | # awk -F'\t' '{if(($1~"^#")||($1!~"^#" && $7=="PASS")){print $0}}' ${sample}.TNscope.vcf > ${sample}.TNscope.PASS.vcf |
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