feat: tnscope min_base_qual · e2f604839f - Choppy for Reproducible Omics Pipeline

Преглед изворни кода

feat: tnscope min_base_qual

master

YaqingLiu пре 2 година

родитељ

f5dd691db8

комит

e2f604839f

1 измењених фајлова са 0 додато и 1 уклоњено

Подељен поглед

							
								+ 0
								
								- 1
							
tasks/TNscope.wdlПрегледај датотеку
								
			@@ -54,7 +54,6 @@ task TNscope {
		
			    --algo TNscope \

			    $SAMPLE \

			    --dbsnp ${dbsnp_dir}/${dbsnp} \

			    --min_base_qual 20 \

			    ${sample}.TNscope.vcf

			    # awk -F'\t' '{if(($1~"^#")||($1!~"^#" && $7=="PASS")){print $0}}' ${sample}.TNscope.vcf > ${sample}.TNscope.PASS.vcf