YaqingLiu
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PoN
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Generate the Panel of Normal files for TNseq and TNscope.
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29 Commits
1 Branch
Struktur: ba5588de65
Branches Tags
${ item.name }
Erstelle Branch ${ searchTerm }
von „ba5588de65“
${ noResults }
YaqingLiu ba5588de65 Fix bug: tumor_sample parameter vor 4 Jahren
tasks Fix bug: tumor_sample parameter vor 4 Jahren
.DS_Store Alter: test vor 4 Jahren
README.md Add: mergePoN vor 4 Jahren
defaults update input vor 4 Jahren
inputs Fix bug: tumor_sample parameter vor 4 Jahren
workflow.wdl Fix bug: tumor sample SM tag is not present in the bam file vor 4 Jahren

README.md

README.md

Author: Yaqing Liu

Email: yaqing.liu@outlook.com

Last Updates: 07/04/2021

Requirements

  • choppy
  • Ali-Cloud
  • Linux

Panel of Normals

The Panel of Normals approach uses a set of matched normal samples to determine the baseline level from which to call CNV events. These matched normal samples should be derived from the same library prep and sequencing workflow that was used for the case sample. This allows the algorithm to subtract out system level biases that are not sample specific.

Usage

```