YaqingLiu
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PoN
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Generate the Panel of Normal files for TNseq and TNscope.
Vous ne pouvez pas sélectionner plus de 25 sujets Les noms de sujets doivent commencer par une lettre ou un nombre, peuvent contenir des tirets ('-') et peuvent comporter jusqu'à 35 caractères.
28 Révisions
1 Branche
Aborescence: 53009bc220
Branches Tags
${ item.name }
Créer la branche ${ searchTerm }
de '53009bc220'
${ noResults }
YaqingLiu 53009bc220 Fix bug: basename il y a 4 ans
tasks Fix bug: basename il y a 4 ans
.DS_Store Alter: test il y a 4 ans
README.md Add: mergePoN il y a 4 ans
defaults update input il y a 4 ans
inputs Fix bug: sample_id il y a 4 ans
workflow.wdl Fix bug: tumor sample SM tag is not present in the bam file il y a 4 ans

README.md

README.md

Author: Yaqing Liu

Email: yaqing.liu@outlook.com

Last Updates: 07/04/2021

Requirements

  • choppy
  • Ali-Cloud
  • Linux

Panel of Normals

The Panel of Normals approach uses a set of matched normal samples to determine the baseline level from which to call CNV events. These matched normal samples should be derived from the same library prep and sequencing workflow that was used for the case sample. This allows the algorithm to subtract out system level biases that are not sample specific.

Usage

```