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variant-calling
bifurqué depuis YaqingLiu/variant-calling
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122 Révisions
1 Branche
Aborescence: cd2666a59f
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${ item.name }
Créer la branche ${ searchTerm }
de 'cd2666a59f'
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Graphique des révisions

65 Révisions (cd2666a59f26d8a42461749f4e7cace75528c0a9)

Auteur SHA1 Message Date
  YaqingLiu cd2666a59f Update: VEP ncbi_build il y a 3 ans
  YaqingLiu 6d752761a9 Update: VEP ncbi_build il y a 3 ans
  YaqingLiu af15b0f88c Update: VEP il y a 3 ans
  YaqingLiu 0b9bcc926f Update: VEP and ANNOVAR il y a 3 ans
  YaqingLiu c59e589713 Update: java Xmx32g il y a 3 ans
  YaqingLiu df1c66f195 Update: remove only_pass il y a 3 ans
  YaqingLiu e8269dd25f Update: annovar il y a 3 ans
  YaqingLiu d7acaa8040 Update: replaceRG il y a 3 ans
  YaqingLiu 1819c0a4f6 Update: threads in Pindel il y a 3 ans
  YaqingLiu af26391dd8 Fixbug: insert size in Pindel il y a 3 ans
  YaqingLiu 3accc366b6 update workflow il y a 3 ans
  YaqingLiu d064f8f055 Update: workflow il y a 3 ans
  YaqingLiu 4975096286 Alter varscan Xmx16g il y a 3 ans
  YaqingLiu 13bc0462c9 Update: samtools dir il y a 3 ans
  YaqingLiu f515625972 Fixbug: samtools index il y a 3 ans
  YaqingLiu 5e46d8aee0 Fixbug: task's name il y a 3 ans
  YaqingLiu cd5f5ba56b Fixbug: pindel task name il y a 3 ans
  YaqingLiu a36b68f093 Fixbug: $ in pindel il y a 3 ans
  YaqingLiu d2988bab5d Fixbug: cluster: cluster_config il y a 3 ans
  YaqingLiu 29053d0d19 Alter: replaceRG output il y a 3 ans
  YaqingLiu 7e4d99c1a7 Add: replaceRG il y a 3 ans
  YaqingLiu fe311d4483 Fixbug: remove il y a 3 ans
  YaqingLiu 212b5c40df Fixbug: TNseq output il y a 3 ans
  YaqingLiu fe6512cce0 Fixbug: TNseq output il y a 3 ans
  YaqingLiu 71cb524380 Fixbug: TNseq output il y a 3 ans
  YaqingLiu b124b6d8d0 Fixbug: TNseq il y a 3 ans
  YaqingLiu dbce0e5ce4 Alter: tumor-only il y a 3 ans
  YaqingLiu 9a3ce1ee23 Alter: VEP task name il y a 3 ans
  YaqingLiu 9e1ac3e469 Alter: BQSR il y a 3 ans
  YaqingLiu 7868563c2a Fixbug: ANNOVAR il y a 3 ans
  YaqingLiu 607454ab2f Update: add VEP il y a 4 ans
  YaqingLiu dbd1da94c2 Update: add PASS filter option il y a 4 ans
  YaqingLiu 3a2e5030af Update ANNOVAR.wdl filename il y a 4 ans
  YaqingLiu d925a41571 Update: ANNOVAR il y a 4 ans
  YaqingLiu fef526105b Add TNseq output il y a 4 ans
  YaqingLiu 440fc0d224 Add annovar parameter il y a 4 ans
  YaqingLiu a2064698dc Fixbug: output of annovar il y a 4 ans
  YaqingLiu 6d4d6abe80 Update: simplify BQSR il y a 4 ans
  YaqingLiu e8f07a8c53 Alter: TNseq input is deduped BAM il y a 4 ans
  YaqingLiu d1faa18e02 Alter: TNseq Input il y a 4 ans
  YaqingLiu 03fb6ee728 Update: defaults il y a 4 ans
  YaqingLiu 7e612b6ddd Fix bug: merge Varscan's results il y a 4 ans
  YaqingLiu cb6332a576 Update: varscan somatic annovar il y a 4 ans
  YaqingLiu a06abfc5cf Update: varscan il y a 4 ans
  YaqingLiu 96a3c5dc5d Update: annovar.wdl, remove ensGene and knownGene il y a 4 ans
  YaqingLiu 4ce53ad6c6 Fix bug: TNscope.wdl il y a 4 ans
  YaqingLiu af9561b1e0 Fix bug: BQSR.wdl il y a 4 ans
  YaqingLiu ed468bfd8e Fix bug: TNseq.wdl il y a 4 ans
  YaqingLiu a6057601d2 Fix bug: BQSR.wdl il y a 4 ans
  YaqingLiu fe662a3686 Fix bug: TNseq.wdl il y a 4 ans