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LUYAO REN 4年前
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@@ -31,9 +31,11 @@ choppy install renluyao/DELLY_somatic

2. DELLY检测突变

delly call -g <fastq_file> -o <output_bcf> -x human.hg38.excl.tsv <tumor_bam> <normal_bam>
delly filter -f somatic -o <output_filtered_bcf> -s samples.tsv <output_bcf>
```bash
delly call -g <fastq_file> -o <output_bcf> -x human.hg38.excl.tsv <tumor_bam> <normal_bam>

delly filter -f somatic -o <output_filtered_bcf> -s samples.tsv <output_bcf>
```
其中samples.tsv按照如下准备,其中的tumor_name和normal_name要与bam文件中一致

```bash

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