Germline & Somatic short variant discovery (SNVs + Indels) for WGS & WES.

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bcftools-merge is used to merge VCF files into a singe VCF.

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Generate the Panel of Normal files for TNseq and TNscope.

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Generating a VAF file from one FASTQ file parallelly. And then parallelized read the set of VAF files by vaf_ncm.py.

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Generate a VAF file from the FASTQ file. The purpose of this app is that sometimes we have to process hundreds of files. In this case, using YaqingLiu/NGSCheckMate_parallel is not an optimal choice.

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For RNA-seq data, from bam/fastq to AS sites files.

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Infer and visualize copy number from high-throughput DNA sequencing data.

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