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chenqingwang
36ba0e2216
更新 'tasks/rmats.wdl'
|
3 anos atrás | |
|---|---|---|
| tasks | 4 anos atrás | |
| README.md | 4 anos atrás | |
| defaults | 4 anos atrás | |
| inputs | 4 anos atrás | |
| test_rmats_1samples_20210406.csv | 4 anos atrás | |
| workflow.wdl | 4 anos atrás | |
README.md
README.md
Author: Qingwang Chen
Email: qwch20@fudan.edu.cn
Last Updates: 25/03/2021
Requirements
- choppy
- Ali-Cloud
- Linux
# 激活choppy环境
$ source activate choppy (open-choppy-env)
# 第一次安装
$ choppy install chenqingwang/rmats:v4.1.1
# 非第一次安装
$ choppy install chenqingwang/rmats:v4.1.1 -f
# 查询已安装APP
$ choppy apps
Quick Start
# 准备 samples.csv 文件
$ choppy samples chenqingwang/rmats-v4.1.1 > samples.csv
# 准备无默认参数的samples.csv 文件
choppy samples --no-default chenqingwang/rmats-v4.1.1 > samples.csv
# 提交任务
$ choppy batch chenqingwang/rmats-v4.1.1 samples.csv -p Your_project_name -l Your_label
# 查询任务运行状况
$ choppy query -L Your_label | grep "status"
# 查询失败任务
$ choppy search -s Failed -p Your_project_name -u chenqingwang --short-format
# 结果文件地址
$ oss://choppy-cromwell-result/test-choppy/Your_project_name/