Annotation of genetic variants detected from human genome hg19 and hg38.

Päivitetty 4 vuotta sitten

VEP (Variant Effect Predictor) predicts the functional effects of genomic variants. The annotated VCF will be converted into MAF based on vcf2maf.

Päivitetty 4 vuotta sitten

Germline & Somatic short variant discovery (SNVs + Indels) for WGS & WES.

Päivitetty 4 vuotta sitten

Päivitetty 4 vuotta sitten

Päivitetty 4 vuotta sitten

Päivitetty 4 vuotta sitten

Päivitetty 4 vuotta sitten

Päivitetty 4 vuotta sitten

bcftools-merge is used to merge VCF files into a singe VCF.

Päivitetty 4 vuotta sitten

Päivitetty 4 vuotta sitten

Päivitetty 4 vuotta sitten

Generate the Panel of Normal files for TNseq and TNscope.

Päivitetty 4 vuotta sitten

Päivitetty 4 vuotta sitten

Generating a VAF file from one FASTQ file parallelly. And then parallelized read the set of VAF files by vaf_ncm.py.

Päivitetty 4 vuotta sitten

Generate a VAF file from the FASTQ file. The purpose of this app is that sometimes we have to process hundreds of files. In this case, using YaqingLiu/NGSCheckMate_parallel is not an optimal choice.

Päivitetty 4 vuotta sitten

Päivitetty 4 vuotta sitten

For RNA-seq data, from bam/fastq to AS sites files.

Päivitetty 4 vuotta sitten

Infer and visualize copy number from high-throughput DNA sequencing data.

Päivitetty 4 vuotta sitten

Päivitetty 4 vuotta sitten

Päivitetty 4 vuotta sitten