@@ -1,6 +1,6 @@ | |||
task rmats { | |||
String sample_id | |||
File b1_txt_file | |||
File b1_txt_file ## 阿里云不能直接读取txt内容,要建立阿里云和服务器的联系(read_csv) | |||
Array[Array[File]] b1_txt = read_csv(b1_txt_file) | |||
File b2_txt_file | |||
Array[Array[File]] b2_txt = read_csv(b2_txt_file) | |||
@@ -19,6 +19,7 @@ task rmats { | |||
mkdir -p ${sample_id}/output | |||
mkdir -p ${sample_id}/tmp_output | |||
### 命令行无需修改 | |||
python /usr/local/bin/rmats.py --b1 ${b1_txt} \ | |||
--b2 ${b2_txt} \ | |||
--gtf ${reference_gtf_file} \ |