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quartet_dna_quality_control_wgs_big_pipeline
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Haonan917
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workflow.wdl
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@@ -18,7 +18,7 @@ command <<<
--output_vcf=${sample}_hc.vcf \
--num_shards=$(nproc)
gatk IndexFeatureFile -I ${sample}_hc.vcf -O ${sample}_hc.vcf.idx
/opt/gatk-4.4/
gatk IndexFeatureFile -I ${sample}_hc.vcf -O ${sample}_hc.vcf.idx
>>>
runtime {
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- 498
workflow.wdl
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