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YaqingLiu 4 년 전
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54d9bd85a9
1개의 변경된 파일1개의 추가작업 그리고 1개의 파일을 삭제
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      tasks/picard.wdl

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tasks/picard.wdl 파일 보기

@@ -14,7 +14,7 @@ task picard {
set -o pipefail
set -e
nt=$(nproc)
java -jar /usr/bin/picard/picard.jar LiftoverVcf -I ${vcf} -O ${sample}_picard.vcf -REJECT rejected_variants.vcf -CHAIN ${chain_dir}/${chain} -R ${ref_dir}/${fasta}
java -jar /usr/bin/picard/picard.jar LiftoverVcf I=${vcf} O=${sample}_picard.vcf REJECT=rejected_variants.vcf CHAIN=${chain_dir}/${chain} R=${ref_dir}/${fasta}
>>>
runtime {

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