YaqingLiu 5 роки тому
джерело
коміт
6e9f83300e
1 змінених файлів з 3 додано та 3 видалено
  1. +3
    -3
      tasks/bamdst.wdl

+ 3
- 3
tasks/bamdst.wdl Переглянути файл

@@ -11,9 +11,9 @@ task bamdst {
command <<<
set -o pipefail
set -e
mkdir -p /cromwell_root/tmp/bamdst
bamdst -p ${bed} -o /cromwell_root/tmp/bamdst ${bam}
cd /cromwell_root/tmp/bamdst
mkdir -p /cromwell_root/tmp/bamdst/
/bamdst/bamdst -p ${bed} -o /cromwell_root/tmp/bamdst/ ${bam}
cd /cromwell_root/tmp/bamdst/
cp chromosomes.report ${sample}_chromosomes.report
cp coverage.report ${sample}_coverage.report
cp depth_distribution.plot ${sample}_depth_distribution.plot

Завантаження…
Відмінити
Зберегти