YaqingLiu 5 lat temu
rodzic
commit
6e9f83300e
1 zmienionych plików z 3 dodań i 3 usunięć
  1. +3
    -3
      tasks/bamdst.wdl

+ 3
- 3
tasks/bamdst.wdl Wyświetl plik

@@ -11,9 +11,9 @@ task bamdst {
command <<<
set -o pipefail
set -e
mkdir -p /cromwell_root/tmp/bamdst
bamdst -p ${bed} -o /cromwell_root/tmp/bamdst ${bam}
cd /cromwell_root/tmp/bamdst
mkdir -p /cromwell_root/tmp/bamdst/
/bamdst/bamdst -p ${bed} -o /cromwell_root/tmp/bamdst/ ${bam}
cd /cromwell_root/tmp/bamdst/
cp chromosomes.report ${sample}_chromosomes.report
cp coverage.report ${sample}_coverage.report
cp depth_distribution.plot ${sample}_depth_distribution.plot

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