YaqingLiu vor 5 Jahren
Ursprung
Commit
6e9f83300e
1 geänderte Dateien mit 3 neuen und 3 gelöschten Zeilen
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    -3
      tasks/bamdst.wdl

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tasks/bamdst.wdl Datei anzeigen

@@ -11,9 +11,9 @@ task bamdst {
command <<<
set -o pipefail
set -e
mkdir -p /cromwell_root/tmp/bamdst
bamdst -p ${bed} -o /cromwell_root/tmp/bamdst ${bam}
cd /cromwell_root/tmp/bamdst
mkdir -p /cromwell_root/tmp/bamdst/
/bamdst/bamdst -p ${bed} -o /cromwell_root/tmp/bamdst/ ${bam}
cd /cromwell_root/tmp/bamdst/
cp chromosomes.report ${sample}_chromosomes.report
cp coverage.report ${sample}_coverage.report
cp depth_distribution.plot ${sample}_depth_distribution.plot

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