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fix(MSIsensor): normal_bam

master
YaqingLiu vor 2 Jahren
Ursprung
Commit
fd12a9ef70
2 geänderte Dateien mit 2 neuen und 2 gelöschten Zeilen
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      tasks/MSIsensor.wdl
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      workflow.wdl

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tasks/MSIsensor.wdl Datei anzeigen

# MSI # MSI
mkdir -p /cromwell_root/tmp/${sample} mkdir -p /cromwell_root/tmp/${sample}
msisensor-pro scan -d ${ref_dir}/${fasta} -o reference.list msisensor-pro scan -d ${ref_dir}/${fasta} -o reference.list
if [ ${normal_recaled_bam} ]; then
if [ ${normal_bam} ]; then
msisensor-pro msi -d reference.list -n ${normal_bam} -t ${tumor_bam} -o /cromwell_root/tmp/${sample} msisensor-pro msi -d reference.list -n ${normal_bam} -t ${tumor_bam} -o /cromwell_root/tmp/${sample}
else else
msisensor-pro pro -d ${baseline} -t ${tumor_bam} -o /cromwell_root/tmp/${sample} msisensor-pro pro -d ${baseline} -t ${tumor_bam} -o /cromwell_root/tmp/${sample}

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workflow.wdl Datei anzeigen

cluster_config=cluster_config, cluster_config=cluster_config,
disk_size=disk_size disk_size=disk_size
} }
call CNVkit.CNVkit as CNVkit { call CNVkit.CNVkit as CNVkit {
input: input:
sample=sample_id, sample=sample_id,

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