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tasks/vaf_ncm.wdl
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| export NCM_HOME=/opt/NGSCheckMate | export NCM_HOME=/opt/NGSCheckMate | ||||
| mkdir -p /ncm/fastq_vaf | mkdir -p /ncm/fastq_vaf | ||||
| cp vaf /ncm/fastq_vaf | |||||
| cp ${vaf} /ncm/fastq_vaf | |||||
| python /opt/NGSCheckMate/vaf_ncm.py -f -I /ncm/fastq_vaf/ -O . -nz $nt | python /opt/NGSCheckMate/vaf_ncm.py -f -I /ncm/fastq_vaf/ -O . -nz $nt | ||||
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