YaqingLiu
/
CNVkit
Sledovat 1
Oblíbit 0
Rozštěpit 1
Zdrojový kód Úkoly 0 Požadavky na natažení 0 Vydání 0 Wiki Aktivita
Infer and visualize copy number from high-throughput DNA sequencing data.
Nelze vybrat více než 25 témat Téma musí začínat písmenem nebo číslem, může obsahovat pomlčky („-“) a může být dlouhé až 35 znaků.
9 Revize
1 Větev
Strom: 92dc2799ad
Větve Značky
${ item.name }
Vytvořit větev ${ searchTerm }
z „92dc2799ad“
${ noResults }
CNVkit/README.md

1.1KB
Surový Blame Historie

CNVkit

Author： Yaqing Liu

E-mail：yaqing.liu@outlook.com

Install

# activate choppy environment
open-choppy-env
# install app
choppy install YaqingLiu/CNVkit

Copy number calling pipeline

image

Input

{
	"tumor_bam": [
          "oss://choppy-cromwell-result/...bam",
          "oss://choppy-cromwell-result/...bam",
          "oss://choppy-cromwell-result/...bam"
	],
	"tumor_bai": [
          "oss://choppy-cromwell-result/...bai",
          "oss://choppy-cromwell-result/...bai",
          "oss://choppy-cromwell-result/...bai"
	],
	"normal_bam": [
          "oss://choppy-cromwell-result/...bam",
          "oss://choppy-cromwell-result/...bam",
          "oss://choppy-cromwell-result/...bam"
	],
	"normal_bai": [
          "oss://choppy-cromwell-result/...bai",
          "oss://choppy-cromwell-result/...bai",
          "oss://choppy-cromwell-result/...bai"
    ],
	"sample_id": "..."
}

Output

A segment file and some intermediate *.cnn/cns will be generated, and the segment file can be imported into IGV.