66 Commits (master)

Autor SHA1 Mensaje Fecha
  YaqingLiu f02a98c73b Update: remove # line hace 3 años
  YaqingLiu cd2666a59f Update: VEP ncbi_build hace 3 años
  YaqingLiu 6d752761a9 Update: VEP ncbi_build hace 3 años
  YaqingLiu af15b0f88c Update: VEP hace 3 años
  YaqingLiu 0b9bcc926f Update: VEP and ANNOVAR hace 3 años
  YaqingLiu c59e589713 Update: java Xmx32g hace 3 años
  YaqingLiu df1c66f195 Update: remove only_pass hace 3 años
  YaqingLiu e8269dd25f Update: annovar hace 3 años
  YaqingLiu d7acaa8040 Update: replaceRG hace 3 años
  YaqingLiu 1819c0a4f6 Update: threads in Pindel hace 3 años
  YaqingLiu af26391dd8 Fixbug: insert size in Pindel hace 3 años
  YaqingLiu 3accc366b6 update workflow hace 3 años
  YaqingLiu d064f8f055 Update: workflow hace 3 años
  YaqingLiu 4975096286 Alter varscan Xmx16g hace 3 años
  YaqingLiu 13bc0462c9 Update: samtools dir hace 3 años
  YaqingLiu f515625972 Fixbug: samtools index hace 3 años
  YaqingLiu 5e46d8aee0 Fixbug: task's name hace 3 años
  YaqingLiu cd5f5ba56b Fixbug: pindel task name hace 3 años
  YaqingLiu a36b68f093 Fixbug: $ in pindel hace 3 años
  YaqingLiu d2988bab5d Fixbug: cluster: cluster_config hace 3 años
  YaqingLiu 29053d0d19 Alter: replaceRG output hace 3 años
  YaqingLiu 7e4d99c1a7 Add: replaceRG hace 3 años
  YaqingLiu fe311d4483 Fixbug: remove hace 3 años
  YaqingLiu 212b5c40df Fixbug: TNseq output hace 3 años
  YaqingLiu fe6512cce0 Fixbug: TNseq output hace 3 años
  YaqingLiu 71cb524380 Fixbug: TNseq output hace 3 años
  YaqingLiu b124b6d8d0 Fixbug: TNseq hace 3 años
  YaqingLiu dbce0e5ce4 Alter: tumor-only hace 3 años
  YaqingLiu 9a3ce1ee23 Alter: VEP task name hace 3 años
  YaqingLiu 9e1ac3e469 Alter: BQSR hace 3 años
  YaqingLiu 7868563c2a Fixbug: ANNOVAR hace 3 años
  YaqingLiu 607454ab2f Update: add VEP hace 4 años
  YaqingLiu dbd1da94c2 Update: add PASS filter option hace 4 años
  YaqingLiu 3a2e5030af Update ANNOVAR.wdl filename hace 4 años
  YaqingLiu d925a41571 Update: ANNOVAR hace 4 años
  YaqingLiu fef526105b Add TNseq output hace 4 años
  YaqingLiu 440fc0d224 Add annovar parameter hace 4 años
  YaqingLiu a2064698dc Fixbug: output of annovar hace 4 años
  YaqingLiu 6d4d6abe80 Update: simplify BQSR hace 4 años
  YaqingLiu e8f07a8c53 Alter: TNseq input is deduped BAM hace 4 años
  YaqingLiu d1faa18e02 Alter: TNseq Input hace 4 años
  YaqingLiu 03fb6ee728 Update: defaults hace 4 años
  YaqingLiu 7e612b6ddd Fix bug: merge Varscan's results hace 4 años
  YaqingLiu cb6332a576 Update: varscan somatic annovar hace 4 años
  YaqingLiu a06abfc5cf Update: varscan hace 4 años
  YaqingLiu 96a3c5dc5d Update: annovar.wdl, remove ensGene and knownGene hace 4 años
  YaqingLiu 4ce53ad6c6 Fix bug: TNscope.wdl hace 4 años
  YaqingLiu af9561b1e0 Fix bug: BQSR.wdl hace 4 años
  YaqingLiu ed468bfd8e Fix bug: TNseq.wdl hace 4 años
  YaqingLiu a6057601d2 Fix bug: BQSR.wdl hace 4 años