1 ändrade filer med 1 tillägg och 1 borttagningar
+ 1
- 1
tasks/replaceRG.wdl
Visa fil
| @@ -11,7 +11,7 @@ task replaceRG { | |||
| command <<< | |||
| SAMTOOLS_DIR="/opt/samtools/samtools-1.13" | |||
| $SAMTOOLS_DIR/samtools addreplacerg -r "@RG\tID:${group}\tSM:${sample}\tPL:${pl}" -o ${bam_name}.bam ${bam} | |||
| $SAMTOOLS_DIR/samtools addreplacerg -w -r "@RG\tID:${group}\tSM:${sample}\tPL:${pl}" -o ${bam_name}.bam ${bam} | |||
| $SAMTOOLS_DIR/samtools index ${bam_name}.bam | |||
| >>> | |||
Laddar…