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Fixbug: pindel task name

master
YaqingLiu il y a 3 ans
Parent
révision
cd5f5ba56b
2 fichiers modifiés avec 4 ajouts et 4 suppressions
  1. +1
    -1
      tasks/pindel.wdl
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    -3
      workflow.wdl

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tasks/pindel.wdl Voir le fichier

@@ -1,4 +1,4 @@
task pindel {
task Pindel {

String sample_id
File bam

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- 3
workflow.wdl Voir le fichier

@@ -10,7 +10,7 @@ import "./tasks/somatic.wdl" as somatic
import "./tasks/processSomatic.wdl" as processSomatic
import "./tasks/somaticFilter.wdl" as somaticFilter
import "./tasks/replaceRG.wdl" as replaceRG
import "./tasks/pindel.wdl" as pindel
import "./tasks/Pindel.wdl" as Pindel
import "./tasks/ANNOVAR.wdl" as ANNOVAR
import "./tasks/VEP.wdl" as VEP

@@ -247,7 +247,7 @@ workflow {{ project_name }} {
}
if (pindel) {
call pindel.pindel as pindel {
call Pindel.Pindel as Pindel {
input:
sample_id=sample_id + '.N',
bam=normal_BQSR.recaled_bam,
@@ -537,7 +537,7 @@ workflow {{ project_name }} {
}

if (pindel) {
call pindel.pindel as pindel_fb {
call Pindel.Pindel as Pindel_fb {
input:
sample_id=sample_id + '.N',
bam=normal_BQSR_fb.recaled_bam,

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