2 fichiers modifiés avec 2 ajouts et 3 suppressions
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defaults
Voir le fichier
| @@ -40,6 +40,6 @@ | |||
| "annovar": false, | |||
| "vep": false, | |||
| "only_pass": true, | |||
| "input_fastq": true, | |||
| "input_fastq": false, | |||
| "input_bam": false | |||
| } | |||
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workflow.wdl
Voir le fichier
| @@ -435,8 +435,7 @@ workflow {{ project_name }} { | |||
| } | |||
| } | |||
| } | |||
| if (input_bam) { | |||
| if (tumor_deduped_bam != "") { | |||
| call BQSR.BQSR as tumor_BQSR_fb { | |||
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