LUYAO REN пре 4 година
родитељ
комит
0c524cafa9
1 измењених фајлова са 2 додато и 2 уклоњено
  1. +2
    -2
      tasks/region.wdl

+ 2
- 2
tasks/region.wdl Прегледај датотеку

@@ -65,13 +65,13 @@ task region {

for i in *vcfstat.txt
do
cat $i | sed -n '13,13p' | sed 's/\s\+/\t/g' | cut -f3 >> ${sample_name}.${tag}.ti_tv.txt
cat $i | sed -n '10,10p' | sed 's/\s\+/\t/g' | cut -f3 >> ${sample_name}.${tag}.ti_tv.txt
done


for i in *vcfstat.txt
do
cat $i | sed -n '14,14p' | sed 's/\s\+/\t/g' | cut -f5 >> ${sample_name}.${tag}.het_hom.txt
cat $i | sed -n '11,11p' | sed 's/\s\+/\t/g' | cut -f5 >> ${sample_name}.${tag}.het_hom.txt
done



Loading…
Откажи
Сачувај