first commit

README.md

@@ -4,7 +4,7 @@
 >
 > E-mail：18110700050@fudan.edu.cn
 >
-> Git：
+> Git：http://choppy.3steps.cn/renluyao/high_confidence_calls_manuscript.git
 >
 > Last Updates: 18/03/2020
 
@@ -25,13 +25,13 @@ choppy install renluyao/high_confidence_calls_manuscript
 
 ## 流程与参数
 
-1. variantsNorm
+####1. variantsNorm
 
 保留chr1-22，X上的突变
 
 用bcftools norm进行突变格式的统一
 
-2. mendelian
+####2. mendelian
 
 LCL5、LCL7和LCL8为三口之家，进行trio-analysis，分析符合孟德尔和不符合孟德尔遗传规律的突变位点
 
@@ -39,27 +39,27 @@ LCL6、LCL7和LCL8为三口之家，进行trio-analysis，分析符合孟德尔
 
 得到LCL5和LCL6两个家系合并的vcf文件
 
-3. zipIndex
+####3. zipIndex
 
 对LCL5和LCL6两个家系合并的文件压缩和检索引
 
-4. VCFrename
+####4. VCFrename
 
 将VBT的输出结果，VCF文件中的MOTHER FATHER CHILD改成对应的样本名
 
-5. mergeSister
+####5. mergeSister
 
 将LCL5和LCL6修改过名字后的家系VCF文件合并
 
-6. reformVCF
+####6. reformVCF
 
 根据两个三口之家和姐妹的孟德尔遗传的信息，将之前和合并的VCF分解成4个人的vcf，并且包含了家系遗传的信息
 
-7. familyzipIndex
+####7. familyzipIndex
 
 将上一步输出的4个文件进行压缩和检索引
 
-8. merge
+####8. merge
 
 将所有注释后的LCL5 vcf文件合并
 
@@ -69,7 +69,7 @@ LCL6、LCL7和LCL8为三口之家，进行trio-analysis，分析符合孟德尔
 
 将所有注释后的LCL8 vcf文件合并
 
-9. vote
+####9. vote
 
 投票选择高置信的突变位点