YaqingLiu 5 лет назад
Родитель
Сommit
d1c50a6da4
1 измененных файлов: 2 добавлений и 2 удалений
  1. +2
    -2
      tasks/qualimapBAMqc.wdl

+ 2
- 2
tasks/qualimapBAMqc.wdl Просмотреть файл

@@ -12,8 +12,8 @@ task qualimapBAMqc {
set -e
nt=$(nproc)
awk 'BEGIN{OFS="\t"}{sub("\r","",$3);print $1,$2,$3,"",0,"."}' ${regions} > new.bed
/opt/qualimap/qualimap bamqc -bam ${bam} -gff new.bed -outformat PDF:HTML -nt $nt -outdir ${bamname} --java-mem-size=32G
tar -zcvf ${bamname}_qualimap.zip ${bamname}
/opt/qualimap/qualimap bamqc -bam ${bam} -gff new.bed -outformat PDF:HTML -nt $nt -outdir ${bamname}_bamqc --java-mem-size=32G
tar -zcvf ${bamname}_bamqc_qualimap.zip ${bamname}_bamqc
>>>

runtime {

Загрузка…
Отмена
Сохранить