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Qualimap_bamqc_wes
YaqingLiu 5 년 전
부모
커밋
d1c50a6da4
1개의 변경된 파일2개의 추가작업 그리고 2개의 파일을 삭제
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      tasks/qualimapBAMqc.wdl

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tasks/qualimapBAMqc.wdl 파일 보기

@@ -12,8 +12,8 @@ task qualimapBAMqc {
set -e
nt=$(nproc)
awk 'BEGIN{OFS="\t"}{sub("\r","",$3);print $1,$2,$3,"",0,"."}' ${regions} > new.bed
/opt/qualimap/qualimap bamqc -bam ${bam} -gff new.bed -outformat PDF:HTML -nt $nt -outdir ${bamname} --java-mem-size=32G
tar -zcvf ${bamname}_qualimap.zip ${bamname}
/opt/qualimap/qualimap bamqc -bam ${bam} -gff new.bed -outformat PDF:HTML -nt $nt -outdir ${bamname}_bamqc --java-mem-size=32G
tar -zcvf ${bamname}_bamqc_qualimap.zip ${bamname}_bamqc
>>>

runtime {

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