@@ -5,6 +5,7 @@ task strelka_calling{ | |||
File normal_bam_bai | |||
String ref_fasta | |||
File ref_dir | |||
String ref_bed | |||
String sample_id | |||
File? manta_indel_vcf | |||
File? manta_indel_vcf_index | |||
@@ -22,6 +23,7 @@ task strelka_calling{ | |||
--normalBam ${normal_bam} \ | |||
--tumorBam ${tumor_bam} \ | |||
--referenceFasta ${ref_dir}/${ref_fasta} \ | |||
--callRegions ${ref_dir}/${ref_bed} \ | |||
--runDir ${out_dir} | |||
ls ${out_dir} |