更新 'tasks/strelka.wdl'

tasks/strelka.wdl

@@ -5,6 +5,7 @@ task strelka_calling{
     File normal_bam_bai
     String ref_fasta
     File ref_dir
+    String ref_bed
     String sample_id
     File? manta_indel_vcf
     File? manta_indel_vcf_index
@@ -22,6 +23,7 @@ task strelka_calling{
     --normalBam ${normal_bam} \
     --tumorBam ${tumor_bam} \
     --referenceFasta ${ref_dir}/${ref_fasta} \
+    --callRegions ${ref_dir}/${ref_bed} \
     --runDir ${out_dir}
     
     ls ${out_dir}