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更新 'tasks/TNscope.wdl'

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meng vor 2 Jahren
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0e6e1dad2c
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      tasks/TNscope.wdl

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tasks/TNscope.wdl Datei anzeigen

@@ -31,10 +31,11 @@ task sentieon_TNscope{
-i ${tumor_bam} -q ${tumor_recall_data} \
-i ${normal_bam} -q ${normal_recall_data} \
--algo TNscope --tumor_sample ${tumor_name} --normal_sample ${normal_name} \
--disable_detector sv --trim_soft_clip \
--trim_soft_clip \
--dbsnp ${dbsnp_dir}/${dbsnp} ${sample_id}.TNscope.vcf || { echo "TNscope failed"; exit 1; }
ls ./
#--disable_detector sv

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