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更新 'tasks/samtools.wdl'

sort -m 1000000000
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master
lizhihui 6 년 전
부모
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87e85c828e
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      tasks/samtools.wdl

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set -o pipefail set -o pipefail
set -e set -e
/opt/conda/bin/samtools view -bS ${sam} > ${bam} /opt/conda/bin/samtools view -bS ${sam} > ${bam}
/opt/conda/bin/samtools sort -m 500000000 ${bam} -o ${sorted_bam}
/opt/conda/bin/samtools sort -m 1000000000 ${bam} -o ${sorted_bam}
/opt/conda/bin/samtools index ${sorted_bam} /opt/conda/bin/samtools index ${sorted_bam}
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