File sam | File sam | ||||
String base=basename(sam, ".sam") | String base=basename(sam, ".sam") | ||||
String bam=base + ".bam" | String bam=base + ".bam" | ||||
String out_unsort_bam=base + ".bam" | |||||
String out_sort_bam=base + ".sorted.bam" | |||||
String out_sort_bam_index=base + ".sorted.bam.bai" | |||||
String sorted_bam=base + ".sorted.bam" | |||||
String sorted_bam_index=base + ".sorted.bam.bai" | |||||
String samstats=base + ".samstats" | String samstats=base + ".samstats" | ||||
String docker | String docker | ||||
String cluster | String cluster |