@@ -2,9 +2,8 @@ task samtools { | |||
File sam | |||
String base=basename(sam, ".sam") | |||
String bam=base + ".bam" | |||
String out_unsort_bam=base + ".bam" | |||
String out_sort_bam=base + ".sorted.bam" | |||
String out_sort_bam_index=base + ".sorted.bam.bai" | |||
String sorted_bam=base + ".sorted.bam" | |||
String sorted_bam_index=base + ".sorted.bam.bai" | |||
String samstats=base + ".samstats" | |||
String docker | |||
String cluster |