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stead99 5 년 전
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1b8046e132
2개의 변경된 파일2개의 추가작업 그리고 4개의 파일을 삭제
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      samples.csv
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      workflow.wdl

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samples.csv 파일 보기

@@ -1,2 +0,0 @@
hisat2_cluster,samtools_cluster,stringtie_docker,ballgown_cluster,read1,idx_prefix,ballgown_docker,idx,gtf,sample_id,hisat2_docker,stringtie_cluster,samtools_docker,read2
,,,,oss://pgx-result/shangjun/test_data/test_R1.fq.gz,,,,,test,,,,oss://pgx-result/shangjun/test_data/test_R2.fq.gz

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workflow.wdl 파일 보기

@@ -87,7 +87,7 @@ workflow {{ project_name }} {
cluster = stringtie_cluster,
gtf = gtf,
bam = samtools.out_bam,
disk_size= disk_size
disk_size = disk_size
}

call ballgown.ballgown as ballgown {
@@ -96,6 +96,6 @@ workflow {{ project_name }} {
cluster = ballgown_cluster,
ballgown = stringtie.ballgown,
gene_abundance = stringtie.gene_abundance,
disk_size= disk_size
disk_size = disk_size
}
}

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