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更新 'tasks/rmats.wdl'

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chenqingwang 4 年前
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@@ -1,7 +1,7 @@
task rmats {
String sample_id
File b1_txt
File b2_txt
File bam1
File bam2
File reference_gtf_file

@@ -17,9 +17,12 @@ task rmats {

mkdir -p ${sample_id}/output
mkdir -p ${sample_id}/tmp_output
### 命令行无需修改
python /usr/local/bin/rmats.py --b1 ${b1_txt} \
--b2 ${b2_txt} \
echo ${bam1} > b1_txt
echo ${bam2} > b2_txt
python /usr/local/bin/rmats.py --b1 b1_txt \
--b2 b2_txt \
--gtf ${reference_gtf_file} \
-t paired \
--readLength 150 \

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