For RNA-seq data, from bam/fastq to AS sites files.
You can not select more than 25 topics Topics must start with a letter or number, can include dashes ('-') and can be up to 35 characters long.

пре 4 година
пре 4 година
пре 4 година
пре 4 година
пре 4 година
пре 4 година
пре 4 година
пре 4 година
пре 4 година
пре 4 година
пре 4 година
пре 4 година
12345678910111213141516171819202122232425262728293031323334353637383940414243444546
  1. task rmats {
  2. String sample_id
  3. File b1_txt
  4. File b2_txt
  5. File reference_gtf_file
  6. String docker
  7. String cluster
  8. String disk_size
  9. command <<<
  10. set -o pipefail
  11. set -e
  12. mkdir -p ${sample_id}/output
  13. mkdir -p ${sample_id}/tmp_output
  14. ### 命令行无需修改
  15. python /usr/local/bin/rmats.py --b1 ${b1_txt} \
  16. --b2 ${b2_txt} \
  17. --gtf ${reference_gtf_file} \
  18. -t paired \
  19. --readLength 150 \
  20. --nthread 4 \
  21. --od ${sample_id}/output \
  22. --tmp ${sample_id}/tmp_output
  23. find . -depth > fileList.txt
  24. >>>
  25. runtime {
  26. docker: docker
  27. cluster: cluster
  28. systemDisk: "cloud_ssd 40"
  29. dataDisk: "cloud_ssd " + disk_size + " /cromwell_root/"
  30. }
  31. output {
  32. File fileList = "fileList.txt"
  33. Array[File] AS_txt = glob("${sample_id}/output/*.txt")
  34. Array[File] tmp = glob("${sample_id}/output/tmp/*")
  35. }
  36. }